Để ổn định tổ chức bộ máy đi vào hoạt động, ngày 18/7/1995, Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam ban hành Quyết định số 32- QĐ/TC-CB về việc thành lập 16 BHXH huyện, thị xã Bắc Ninh, BHXH huyện Lục Nam, BHXH huyện Sơn Động, BHXH huyện Hiệp Hòa, BHXH huyện Yên Dũng, BHXH huyện Yên Phong, BHXH huyện Gia Lương, BHXH huyện Tiên Sơn, BHXH huyện Quế Võ, BHXH huyện Lục Ngạn, BHXH huyện Thuận Thành, BHXH huyện Việt Yên, BHXH huyện Yên Thế, BHXH huyện Tân Yên, BHXH huyện Lạng Giang, Ngày 09/10/1995, Tổng Giám đốc BHXH tỉnh bao gồm 05 phòng nghiệp vụ: Phòng Tổ chức – Hành chính- Kiểm tra, Phòng Quản lý Chế độ chính sách BHXH, Phòng quản lý Chế độ chính sách BHXH, Phòng quản lý Thu BHXH, Phòng quản lý Chi BHXH, Phòng Kế hoạch - Tài chính, với tổng số 91 công chức, viên chức.

Thực hiện Nghị quyết của Quốc hội về việc chia tách địa giới các tỉnh, thành phố từ ngày 01/01/1997, tỉnh Hà Bắc được chia tách thành tỉnh Bắc Ninh và tỉnh Bắc Giang, theo đó BHXH tỉnh Hà Bắc được đổi tên là BHXH Bắc Ninh – Bắc Giangtheo Quyết định số 747-BHXH/QĐ-TCCB ngày 19/04/1997 của Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam, tổ chức bộ máy gồm 05 Phòng nghiệp vụ và 16 BHXH huyện, thị xã (thuộc 2 tỉnh Bắc Ninh và Bắc Giang), với tổng số 98 công chức, viên.

Chín tháng sau khi tái lập tỉnh Bắc Giang, ngày 16/09/1997, BHXH tỉnh Bắc Giang được thành lập theo Quyết định số 1614/QĐ-BHXH của Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam. Sau khi thành lập BHXH tỉnh Bắc Giang, ngày 18/9/1997, Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam tiếp tục ban hành Quyết định số 1626-BHXH/QĐ-TCCB về việc tổ chức BHXH huyện, thị xã trực thuộc BHXH tỉnh Bắc Giang. Ngày 29/9/1997, BHXH Bắc Ninh – Bắc Giang tổ chức bàn giao về 2 tỉnh Bắc Ninh và Bắc Giangđể chính thức đi vào hoạt động từ ngày 1/10/1997.

Hơn 20 năm xây dựng và phát triển, đến nay, BHXH tỉnh có 02 trụ sở làm việc (tại số 275 Hoàng Văn Thụ và số 115 Hùng Vương -TP Bắc Giang), phương tiện làm việc từng bước được hiện đại hóa; năng lực chuyên môn, nghiệp vụ, trình độ của đội ngũ CCVC ngày càng được nâng cao, đủ sức đáp ứng được với tiến trình hội nhập và phát triển kinh tế của địa phương nói riêng và của cả nước nói chung.